设备推荐：OrbitrapEclipse—全能型高分辨质谱仪

OrbitrapEclipse（略）是ThermoScientific公司推出的第三代“三合一”质谱仪，该系统巧妙地将三种质量分析器（QR5分段四极杆、静电场轨道阱和双压线性离子阱）以及三种碎裂方式：（略）
图1. VanquishNeo液相与OrbitrapEclipse（略）
OrbitrapEclipse在大分子领域有着广泛的应用，能够应对蛋白质组学研究中的各种挑战，包括肽质量指纹图谱测定、蛋白质翻译后修饰、蛋白质相互作用鉴定、未知肽段的筛选与测序、蛋白质分子量测定，以及使用标记或非标记方法进行相对和绝对定量蛋白质组学研究。下面简要介绍其性能指标和特有的应用场景。
1.Eclipse应用于定性蛋白质组学
OrbitrapEclipse配备的QR5分段四级杆具有领先的离子传输效率，隔离窗口宽度可达0.4-1200m/z。同时，Orbitrap分析器具有超高分辨率（500k）、高质量准确度（外标<3ppm，内标<1ppm）、高灵敏度和高采集速度（40Hz）等优势。将Eclipse与VanquishNeo（略）联用，以500ngHEK293T全细胞酶解产物为样品，采用60分钟梯度洗脱，经DIA数据采集和DIA-NN软件分析，可鉴定到超过6000个蛋白质。
2.Eclipse应用于TMT定量蛋白质组学
TMT标记是最常见的定量蛋白质组学方法之一，可实现多样本同时分析，减少误差和定量缺失值，在疾病相关的生物标志物筛选、药物作用机制研究方面有广泛应用。常规的TMTMS2定量流程存在“比值压缩效应”，致使定量不准，而Eclipse系列独有的SPS-MS3定量方法可规避此问题，显著提高定量的准确性，同时结合实时检索的同步母离子选择（SPS）技术定量，定量通量相比上一代仪器（FusionLumos）提升一倍（图2）。
图2.结合实时检索的SPS技术，TMT10plex标记的三个细胞样品中的定量通量
3.Eclipse应用于不稳定翻译后修饰的定位研究
ETD（ElectronTransferDissociation，电子转移解离）是一种重要的质谱碎裂技术，使用携带电子的试剂与肽段反应，诱导肽段碎裂，是目前常用HCD碎裂的补充。一些常见的修饰，如磷酸化、O-glycosylation、ADP-Ribosylation等在HCD碎裂模式下，修饰基团很容易发生中性丢失，造成无法对修饰进行定位。Eclipse系列独有的ETD碎裂模式，能保留完整的修饰侧链信息，准确地推断修饰位点（图3）。
图3. ETD用于鉴定组蛋白ADP-Ribosylation修饰（Leidecker etal.,2016）
4.Eclipse应用于肽段从头测序研究
在抗体和免疫多肽研究中，经常需要对肽段进行从头测序。常用的HCD碎裂方式：（略）
图4.EThcD在肽段从头测（略）分I/L的示意图
5.Eclipse应用于完整蛋白和Top-down研究
在Top- Down研究以及完整蛋白质研究中，Eclipse的Orbitrap分析器具有更高的真空度，可以获得最佳的信噪比。相比前代，100 fmol/uL的碳酸酐酶在Eclipse获得的信噪比提升2~4倍；另外，结合Eclipse的ETD，EThcD和HCD碎裂模式，可使赫赛汀的轻链序列覆盖度达到57%，重链覆盖度达到36%。
图5.碳酸酐酶在Eclipse中灵敏度的提升（左），多种组合碎裂模式下赫赛汀的序列覆盖度（右）
综上所述，OrbitrapEclipse（略）不仅能够完成常规的蛋白质组学分析，其独有的ETD碎裂模式和多级碎裂策略还使其能够胜任更为复杂和富有挑战性的分析任务，如TMTSPS-MS3定量、肽段从头测序以及完整蛋白质的表征等。因此，OrbitrapEclipse可谓是一款全方位解决蛋白质相关科学问题的利器，能够为蛋白质组学和大分子研究提供强大的技术支撑。
（略）的OrbitrapEclipse质谱仪已安装就位，（略）区域的各单位：（略）
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